La Oficina Nacional de Seguridad fue creada en 1983, esta integrada en la División de seguridad del CNI, y es el órgano de trabajo de la Autoridad Nacional de Seguridad Delegada ANS-D, encargada de recibir la información clasificada de la OTAN y de la Unión Europea.
La Oficina es responsable del funcionamiento de la red nacional de protección de la Información Clasificada OTAN/UE, formada por un Registro Central, responsable de la recepción, registro, archivo y distribución de la Información Clasificada OTAN/UE, veinte Subregistros Principales y en una serie de redes secundarias que dependen de cada uno de estos últimos. Al mismo tiempo, la ONS gestiona la concesión de las habilitaciones personales de seguridad para el acceso a la información clasificada de la OTAN/UE.
La ONS representa a la Autoridad Delegada en los Comités de Seguridad de la OTAN y UE, así como en numerosos Grupos de Trabajo y Comités de expertos en protección de la información clasificada (Galileo, ESA, EFA, EUROFOR, EUROCOR, MISWG, entre otros).
En el ámbito de la Industria de Defensa, la Oficina es responsable de la Protección de las Materias Clasificadas del Ministerio de Defensa en poder de las Empresas, en aplicación del Manual de Protección de Materias Clasificadas que establece, en primer lugar, que toda empresa que precise acceder a Información Clasificada de Defensa deberá tener suscrito un Acuerdo de Seguridad con el Ministerio de Defensa en el grado correspondiente a la información que vaya a manejar y, en segundo lugar, que las personas con acceso a esa información estarán en posesión de una Garantía Personal de Seguridad (GPS) de nivel adecuado, habilitación que es concedida por la ONS.
Otra responsabilidad de la ONS es la de velar por el cumplimiento de los Acuerdos Bilaterales y Multilaterales que España tiene firmados, con rango de Tratado Internacional, en los que se regulan los procedimientos para salvaguardar las materias clasificadas intercambiadas por las Partes, ya sea en virtud de Proyectos Internacionales o como consecuencia de la participación de empresas españolas en contratos de defensa extranjeros o viceversa, en los que el Secretario de Estado Director del CNI es la Autoridad responsable de su aplicación.
- Acuerdo entre el reino de España y la República Eslovaca para la protección mutua de información clasificada, hecho en Bratislava el 20 de enero de 2009.
- Acuerdo entre el reino de España y la República Federal de Alemania sobre protección mutua de la información clasificada, hecho en Madrid el 21 de mayo de 2007.
- Acuerdo general de seguridad entre el reino de España y la República Italiana relativo a la protección de la información clasificada intercambiada entre ambos países, hecho en Madrid el 19 de abril de 2007.
- Acuerdo entre el reino de España y la república de Letonia para la protección mutua de información clasificada, hecho en Madrid el 12 de junio de 2007.
- Acuerdo general de seguridad entre el reino de España y la República Francesa relativo al intercambio y protección de información clasificada, hecho en Madrid el 21 de julio de 2006.
- Acuerdo entre el reino de España y la república de Polonia para la protección mutua y el intercambio de información clasificada, hecho en Madrid y Varsovia el 18 de abril y 25 de mayo de 2006.
- Acuerdo de seguridad para la protección de la información clasificada entre el reino de España y la república de Estonia, hecho en Madrid el 11 de noviembre de 2005.
- Acuerdo entre el reino de España y la república de Bulgaria para la protección mutua y el intercambio de información clasificada, hecho en Madrid el 27 de septiembre de 2005.
- Acuerdo general de seguridad entre el reino de Suecia y el reino de España relativo a la protección de la información clasificada intercambiada entre los dos países para los fines de la cooperación en materia de defensa, la investigación, la producción y las adquisiciones, hecho en Madrid y Estocolmo los días 29 de septiembre y 3 de octubre de 2005.
- Acuerdo sobre protección mutua de la información clasificada entre el reino de España y Suiza, hecho en Madrid el 22 de mayo de 2001.
- Acuerdo sobre protección de información clasificada entre el reino de España y el estado de Israel, firmado en Madrid el 13 de febrero de 1995.
- Acuerdo sobre protección de información clasificada y protocolo anejo entre el reino de España y Grecia, firmado en Atenas el 25 de enero de 1990.
- Acuerdo sobre protección de información clasificada entre el reino de España y el reino de Noruega, y protocolo anejo, firmado en Madrid el 17 de junio de 1986.
- Acuerdo de 12 de marzo de 1984 sobre seguridad de información militar clasificada entre España y los Estados Unidos de América, y sus anejos. Hecho en Washington.