Del Director General de la Guardia Civil, que cuenta con mas de 78.000 efectivos (2019), dependen de acuerdo al Real Decreto 734/2020, los siguientes órganos:
a) La Dirección Adjunta Operativa.
b) El Mando de Fronteras y Policía Marítima.
c) El Mando de Personal.
d) El Mando de Apoyo.
e) Un Gabinete Tecnico.
La Dirección Adjunta Operativa: de ella depende directamente el Mando de Operaciones, a cargo de un Teniente General de la Guardia Civil en situación de servicio activo.
a) El Estado Mayor, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo. Es el principal órgano auxiliar de la Dirección Adjunta Operativa, del Mando de Operaciones y del Mando de Fronteras y Policía Marítima, en todo lo concerniente al ejercicio de las funciones de cada Mando, además de responsable de proporcionar los elementos de juicio necesarios para fundamentar sus decisiones, traducirlas en órdenes y velar por su cumplimiento
b) La Jefatura de Información, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde organizar, dirigir y gestionar la obtención, recepción, tratamiento, análisis y difusión de la información de interés para el orden y la seguridad pública en el ámbito de las funciones propias de la Guardia Civil.
c) La Jefatura de Policía Judicial, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde organizar y gestionar la investigación y persecución de los delitos, dirigir, impulsar y coordinar las investigaciones relacionadas con la delincuencia organizada, la grave y aquellas otras que por sus especiales características lo aconsejen.
d) La Secretaría de Cooperación Internacional, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo.
e) El Mando de Operaciones es el responsable de planificar, impulsar y coordinar los servicios operativos de las Unidades de la Guardia Civil, y de el dependen:
- La Jefatura de Unidades Especiales y de Reserva, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde dirigir, coordinar y controlar las unidades y jefaturas de servicios de ella dependientes, constituyendo la reserva especializada del Mando de Operaciones. Así mismo, a través de sus unidades, asumirá la protección estática o dinámica de las personalidades que se determinen y de los centros e instalaciones que por su interés lo requieran.
- La Jefatura de la Agrupación de Tráfico, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde, como es la unidad especializada en tráfico, seguridad vial y transporte, organizar y gestionar todo lo relativo al ejercicio de las funciones encomendadas a la Guardia Civil por la normativa vigente.
- La Jefatura del Servicio de Protección de la Naturaleza, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde planificar, impulsar y coordinar en el ámbito de las competencias de la Guardia Civil el cumplimiento de las disposiciones relacionadas con la conservación de la naturaleza y el medio ambiente, los espacios protegidos, los recursos hidráulicos, la caza y la pesca, el maltrato animal, los yacimientos arqueológicos y paleontológicos y la ordenación del territorio. Dependerá de esta jefatura la Oficina Central Nacional de análisis de información sobre actividades ilícitas medioambientales.
- La Jefatura de Armas, Explosivos y Seguridad, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde planificar, organizar, inspeccionar y controlar las actividades que la normativa sobre armas y explosivos, artículos pirotécnicos y cartuchería encomienda a la Guardia Civil, así como ejercer las competencias que, en materia de protección y seguridad, están encomendadas al Cuerpo y que no estén expresamente conferidas a otros órganos especializados de su estructura. Dependerá de esta Jefatura el Punto Focal Nacional de Armas.
- Las Zonas de la Guardia Civil, a cargo de un Oficial General o un Coronel de la Guardia Civil en situación de servicio activo, y las Comandancias de las Ciudades de Ceuta y Melilla, sin perjuicio de sus relaciones técnicas y funcionales con los Mandos de Fronteras y Policía Marítima, de Personal y de Apoyo.
El Mando de Fronteras y Policía Marítima: a cargo de un Teniente General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, es responsable de la Autoridad de Coordinación para hacer frente a la Inmigración Irregular y el control de los demás flujos irregulares, teniendo entre sus funciones la de resguardo fiscal del Estado, de el dependen:
a) La Jefatura Fiscal y de Fronteras, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde organizar y gestionar el resguardo fiscal del Estado, así como la custodia, control y vigilancia de las costas, fronteras (excepto aquellas que se rigen por un tratado internacional específico), puertos, aeropuertos y los espacios marítimos en los que España ejerce soberanía y, en este ámbito, el control de la inmigración irregular.
b) La Jefatura de Costas y Policía Marítima, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, encargado, a nivel nacional y en el ámbito de competencias de la Guardia Civil, de la dirección y coordinación de las actividades operativas de la Guardia Europea de Fronteras y Costas que lidere la Guardia Civil y del Centro Nacional de Coordinación (NCC) de España en EUROSUR.
Del Mando de Personal: es responsable, de acuerdo con las directrices emanadas del Director General, de la dirección y coordinación del desarrollo de la política de personal y educativa de el dependen las siguientes Unidades:
a) La Jefatura de Personal, al mando de un Oficial General de la Guardia Civil en situación destinos, recompensas, situaciones administrativas, retribuciones y régimen disciplinario.
b) La Jefatura de Enseñanza, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde desarrollar y ejecutar el sistema de enseñanza de la Guardia Civil a través de la organización y gestión de la selección y de las actividades docentes de formación, perfeccionamiento y altos estudios profesionales.
c) La Jefatura de Asistencia al Personal, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en servicio activo, a la que corresponde proporcionar la asistencia sanitaria y psicológica, así como promocionar la mejora de las condiciones del servicio en lo relativo a la protección de la seguridad y la salud del personal de la Guardia Civil y de los miembros de las Fuerzas Armadas que presten servicio en Unidades, centros y organismos dependientes de la Dirección de la Guardia Civil.
d) La Secretaría Permanente para la Evaluación y Clasificación, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil, que tiene por misión coordinar y ejecutar las actuaciones necesarias para el desarrollo de las evaluaciones, así como organizar y, en su caso, apoyar técnicamente a los órganos de evaluación en el desarrollo de sus funciones.
El Mando de Apoyo: es responsable, de la dirección, coordinación y gestión de los recursos financieros y de la política de recursos materiales. Del Mando de Apoyo dependen las siguientes unidades:
a) La Jefatura de Asuntos Económicos, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde la realización de las actividades relacionadas con la administración y coordinación de los recursos financieros y patrimoniales.
b) La Jefatura de los Servicios de Apoyo, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde la gestión, control y mantenimiento de los medios materiales asignados al Cuerpo para la realización del servicio, en particular, del material móvil, equipamiento policial, armamento e infraestructuras.
c) La Jefatura de Servicios Técnicos, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, órgano especializado de la Guardia Civil en materia de tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC), a la que corresponde la gestión, control, mantenimiento y desarrollo tecnológico de los sistemas informáticos, de telecomunicaciones y equipos especiales asignados a la Guardia Civil, además de las actividades relacionadas con la seguridad de la información del Cuerpo en el ámbito de las citadas TIC.
La organización periférica de la Guardia Civil está constituida por Zonas, Comandancias, Compañías y Puestos.