La regulación legal del Centro Nacional de Inteligencia, es relativamente reciente, del año 2002, constituía una necesidad dar cobertura legal a las actividades del centro, tras diferentes escándalos del CESID, y actualmente esta formada por dos leyes, y cuatro reales decretos, dos de ellos dedicados a nombramientos:
Ley 11/2002, de 6 de Mayo, Reguladora del Centro Nacional de Inteligencia
Define al Centro Nacional de Inteligencia, establece sus principios, y los controles judiciales, remitiéndose a la ley 2/2002, una directiva anual sobre los objetivos del centro, sus funciones, sus actividades, la creación de una comisión delegada del gobierno para asuntos de inteligencia, su encuadramiento orgánico, dentro del ministerio de Defensa, su régimen jurídico, las funciones del secretario de estado director del centro nacional de inteligencia, los cometidos del secretario general del centro, finalmente en los artículos 11 y 12 desarrolla algo mas el control parlamentario y el control judicial previo. Se modifico por ultima vez en 2020 para dar entrada a un vicepresidente del Gobierno en la Comisión Delegada del Gobierno.
En las disposiciones adicionales, se establece su naturaleza jurídica, se suprime el Centro Superior de Información de la Defensa CESID, y se habilita al presidente del gobierno, para encuadrar al CNI dentro de otro ministerio o departamento. Ha sido modificada por las Leyes 62/2003, 39/2007, 2/2008 y RD-Ley 8/2020 (modificaciones ya incorporadas).
Ley Orgánica 2/2002, de 7 de mayo, reguladora del control judicial previo del Centro Nacional de Inteligencia.
Esta ley somete a un control judicial previo, todas aquellas actuaciones del CNI, que afecten a la inviolabilidad del domicilio o al secreto de las telecomunicaciones, estableciendo un control judicial previo, en forma de autorización sobre las mismas , consta de un solo articulo en el que se detalla el procedimiento: el Director del CNI, debe de solicitar al Magistrado del Tribunal Supremo encargado, la autorización, que en el caso de la entrada en domicilio no podrá exceder de 24 horas y la interceptación de las comunicaciones, no podrá exceder de tres meses aunque ambos plazos, pueden se prorrogables.
Este control previo tiene aspectos positivos, tanto para los afectados por estas actuaciones, como por los agentes que las desempeñan, que cuentan ahora con cobertura legal, el Magistrado deberá de dictar resolución en 72 horas, o en 24 horas si es urgente, cabe preguntarse, si siendo, la entrada en domicilio y sobre todo la interceptación de las telecomunicaciones, algo fundamental en la labro de un servicio de inteligencia, este control no supondrá una burocratización de estas actividades y las limitara, suponiendo una perdida de eficacia.
Real Decreto 436/2002 de 10 de Mayo, que establece la estructura orgánica del Centro Nacional de Inteligencia.
Este real decreto desarrolla algo mas la estructura orgánica del centro, aunque se detiene solo en las funciones del Director y del secretario general, las direcciones técnicas y el marco legal de las relaciones de puestos de trabajo, esto es completado con el estatuto de personal del centro y las disposiciones que establezcan su estructura interna que tendrán carácter de secreto. Modificado: Por la Disposición final segunda del Real Decreto 327/2004, por el Real Decreto 612/2006, Real Decreto 240/2013 y por Orden DEF/2962/2009.
Real Decreto 593/2002, de 28 de junio, por el que se desarrolla el régimen económico presupuestario del Centro Nacional de Inteligencia.
Los escándalos producidos, por la gestión de los fondos reservados, obligaron a incrementar las medidas de control sobre estos, este real decreto, regula, las vías de financiación del centro, su régimen presupuestario, el de contratación, el patrimonial, y el de contabilidad, el control financiero y el de eficacia en el ejercicio de su actividad. Modificado: por el Real Decreto 1287/2005, de 28 de octubre (modificaciones ya incorporadas).
Real Decreto 240/2013, de 5 de abril, por el que se aprueba el Estatuto del personal del Centro Nacional de Inteligencia
El Estatuto del CNI es la norma básica de ordenación de su personal, recientemente ha habido diversas resoluciones judiciales en materia de recursos humanos desfavorables al centro, también existen discusiones doctrinales sobre el rango (Real Decreto o Ley) que debería tener esta norma.
Resolución 9/2003, de 27 de enero, por el que se aprueba la delegación de determinadas competencias en materia de contratación y gasto.
Resolución por la que se delegan competencias en las materias de contratación y gasto, en el el Director Técnico de Recursos, el Jefe de la División de Recursos Económicos y Materiales, los Jefes de los Organismos del despliegue, y en materia de reconocimiento de obligaciones: el Jefe del Departamento de Administración Económica y el Jefe de Contabilidad.