La JIPOL se estructura a través del Departamento de Contrainteligencia, el Departamento de Informaciones e Inteligencia, el Departamento de Análisis y el Departamento de Inteligencia de las Comunicaciones. Al mismo tiempo dependen de ella la Brigada de Inteligencia Policial de Santiago, la Brigada de Investigaciones Policiales Especiales y el Grupo de Operaciones Táctico.
En 1992 la Dirección General de Investigaciones de Chile dispuso la existencia de una Brigada de Inteligencia Policial en cada Zona Policial, dependiente directamente del jefe zonal, como así mismo se estableció que en cada comisaría de Investigaciones de Chile existiera de una Oficina de Inteligencia dependiente directamente del jefe de dicha unidad.
De acuerdo a la Ley 19.974 La inteligencia policial es una función que corresponde exclusivamente a Carabineros de Chile y a la Policía de Investigaciones de Chile, sin perjuicio de las funciones de policía que le corresponden a la autoridad marítima y a la aeronáutica, en virtud de las cuales podrán realizar el procesamiento de información de carácter policial que recaben. La inteligencia policial, comprende el procesamiento de la información relacionada con las actividades de personas, grupos y organizaciones que de cualquier manera afecten o puedan afectar las condiciones del orden público y de la seguridad pública interior. La conducción de los servicios de inteligencia policial corresponde al mando de las instituciones de las cuales dependen.
