El Organismo central de nivel militar en Colombia es el Comando General de las Fuerzas Militares (CGFM), se encuentra la Jefatura de Inteligencia y Contrainteligencia Militar Conjunta (J2), siendo responsabilidad del segundo Comandante la Coordinación Nacional de la Inteligencia Militar.
- Dentro del Ejercito Nacional de Colombia: bajo el Estado Mayor y encuadrada dentro de la Jefatura de Operaciones se encuentra la Dirección de Inteligencia (DI)
- Dentro del Estado Mayor Naval de la Armada: se encontraría la Jefatura de Inteligencia Naval (JINA), integrada por las siguientes Direcciones: Contrainteligencia, Inteligencia Naval y Administrativa, además de la Escuela de Inteligencia Naval.
- Dentro del Estado Mayor de la Fuerza Aérea Colombiana: se encontraría la Jefatura de Inteligencia (JIA), integrada por las siguientes Direcciones: Operaciones de Inteligencia Aérea, Asuntos Internacionales, Administración de Recursos, Contrainteligencia y la Escuela de Inteligencia Aérea.