- Sección de Inteligencia A2 del Mando Aéreo de Combate : Su función es contribuir, de acuerdo con los objetivos y documentos de carácter conjunto, a la determinación de las necesidades específicas de inteligencia en apoyo de las actividades de la Fuerza cuando éstas lo requieran y coordinar y controlar la actuación de los medios de inteligencia específicos a nivel táctico. A estos efectos, mantendrá dependencia funcional del Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas.
- Dirección de Seguridad y Protección de la Fuerza (DSPF): fue creada en 2007 sustituye a la antigua Sección de Seguridad y Defensa de la división de operaciones del Estado Mayor su objeto: minimizar la vulnerabilidad del personal, instalaciones, material, operaciones y actividades de la unidades de la Fuerza Aérea, ante las amenazas que puedan surgir, La Dirección de Seguridad y Protección de la Fuerza es el órgano responsable de estudiar y elaborar la doctrina en esta materia del Ejército del Aire. Asimismo, colaborará con los Mandos en la elaboración y evaluación de los planes de seguridad de las unidades y de los planes de instrucción y adiestramiento de las mismas, en el ámbito de la Protección de la Fuerza. También desde 2009 es responsable de la evaluación continua de la Información Interna del Ejército del Aire, se organiza en: Secretaría, Sección de Planes, Sección de Operaciones, Sección de Información Interna y Sección de Prevención. Le corresponde la seguridad de las instalaciones, del personal, de la información, de las operaciones y también asume competencias en materia de prevención de riesgos laborales.
Hasta la irrupcion del CIFAS dentro del Ejercito del Aire se encontraba el Centro de Inteligencia Aerea se encargaba de la recepción y análisis, centraliza la información recogida por los sensores instalados en satélites, aviones de observación militar y unidades navales y terrestres. El gabinete de inteligencia general elabora informes preliminares sobre datos electromagnéticos, de comunicaciones, de imágenes, electro ópticos y meteorológicos, que pasan a la sección de evaluación y fusión que a su vez los distribuye a los órganos correspondientes.