Consecuencia de la reforma de la Inteligencia Militar operada por la creación del Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (CIFAS), se ha llevado a cabo una reorganización asumiendo las labores de inteligencia la Sección de Inteligencia de la División de Operaciones, y las de Contrainteligencia y Seguridad la Sección de Seguridad Naval Central:
Sección de Inteligencia de la División de Operaciones del Estado Mayor de la Armada:
Su función es contribuir, de acuerdo con los objetivos y documentos de carácter conjunto, a la determinación de las necesidades específicas de inteligencia en apoyo de las actividades de la Fuerza cuando éstas lo requieran y coordinar y controlar la actuación de los medios de inteligencia específicos a nivel táctico.
A estos efectos, mantendrá dependencia funcional del Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas y será responsable de mantener actualizadas las bases de datos técnicas necesarias para el funcionamiento de los equipos de Guerra Electrónica y Acústica.
Sección de Seguridad Naval Central (SSNC) del Estado Mayor de la Armada:
En el ámbito de la Armada, la Seguridad Naval abarca el establecimiento y control de las medidas de Seguridad Interna y Contrainteligencia necesarias para impedir cualquier acción de la inteligencia ajena, así como la neutralización de cualquier eventual amenaza a la Seguridad planteada por las organizaciones o por los individuos involucrados en el espionaje, sabotaje, subversión, terrorismo o delincuencia común, se le asignan las siguientes funciones:
- Asesorar al Almirante Segundo Jefe de Estado Mayor de la Armada en cuanto a las medidas de protección que deban tomarse sobre las personas y sobre el establecimiento, cuando sea necesario, de los dispositivos extraordinarios de protección. Apoyará el planeamiento de los dispositivos de seguridad.
- Llevar a cabo las investigaciones de carácter interno que le sean ordenadas o bien actuar de oficio, cuando lo considere necesario, en el ejercicio de sus cometidos.
- Dirigir las actividades de Contrainteligencia en la Armada y analizar la información obtenida, elaborar normas de actuación para hacer frente a las distintas situaciones que puedan presentarse y formular evaluaciones sobre la amenaza para su difusión en la Armada.
- Controlar de forma especial al personal que tenga acceso a información clasificada y al destinado en puestos sensibles.
La Sección de Seguridad Naval Central se relacionará directa y habitualmente con la Fuerza de Protección, con la División de Operaciones del Estado Mayor de la Armada, con las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado, con el Centro Nacional de Inteligencia y con sus equivalentes de los otros Ejércitos. Asimismo, se relacionará con las Unidades, Centros y Organismos directamente o por medio de las Secciones de Seguridad Naval periféricas. Mantendrá, además, las relaciones funcionales que figuren en el Plan General de Seguridad de la Armada.