Consecuencia de la reforma de la Inteligencia Militar operada por la creación del Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (CIFAS), se ha llevado a cabo una reorganización, situándose en la estructura superior del Ejercito del Aire, en dos niveles: La División de Operaciones del Estado Mayor, y el Mando Aéreo de Combate:
Sección de Inteligencia de la División de Operaciones:
La Sección de Inteligencia es el órgano de dirección de inteligencia en el escalón intermedio del Sistema de Inteligencia de las FAS, coordinando con el CIFAS las necesidades y actuaciones del EA en materia de inteligencia estratégica y operacional y de contrainteligencia.
Su función es contribuir, de acuerdo con los objetivos y documentos de carácter conjunto, a la determinación de las necesidades específicas de inteligencia en apoyo de las actividades de la Fuerza cuando éstas lo requieran y coordinar y controlar la actuación de los medios de inteligencia específicos a nivel táctico. A estos efectos, mantendrá dependencia funcional del Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas.
La Dirección de Operaciones dirigirá, coordinará y supervisará las funciones del Estado Mayor del Mando Aéreo de Combate correspondientes a las áreas de inteligencia, vigilancia y reconocimiento, planes y operaciones y adiestramiento y evaluación, así como de la célula del Mando Componente Aéreo.
Cabe destacar como se menciona en el párrafo anterior la Sección de Inteligencia, Vigilancia y Reconocimiento, será responsable de elaborar, proponer y gestionar las necesidades de inteligencia.
Sección de Información Interna:
La Sección de Información Interna será responsable de coordinar las necesidades y actuaciones del EA en materia de seguridad e información interna con el resto de organismos, y dirigir y coordinar las actividades en esta materia, a través del Sistema de Información Interna del Ejercito del Aire.
Hasta la irrupción del CIFAS dentro del Ejercito del Aire se encontraba el Centro de Inteligencia Aérea se encargaba de la recepción y análisis, centraliza la información recogida por los sensores instalados en satélites, aviones de observación militar y unidades navales y terrestres. El gabinete de inteligencia general elaboraba informes preliminares sobre datos electromagnéticos, de comunicaciones, de imágenes, electro ópticos y meteorológicos, que pasan a la sección de evaluación y fusión que a su vez los distribuye a los órganos correspondientes.