Se encarga de la inteligencia interior, la contrainteligencia, la lucha contra el terrorismo, narcotráfico y crimen organizado, apoyo en el control de fronteras, y seguridad de las tecnologías de la información y la comunicación al haberse integrado en el FSB la antigua agencia de comunicaciones rusa FAPSI, su organización conocida es la siguiente:
Servicio de Contrainteligencia (SKR)
- La Dirección de Coordinación y Análisis
- La Dirección de Contrainteligencia en Instalaciones
- La Dirección de Información de asistencia a la actividad operativa
- El Departamento de Contrainteligencia Militar
Servicio para proteger el sistema constitucional y Lucha contra el Terrorismo (SZKSiBT)
- Dirección de Lucha contra el Terrorismo y el Extremismo Político
- Antiterrorista Center / Centro Especial Antiterrorista.
- Dirección de Lucha contra el terrorismo internacional (UBMT)
Servicio de Seguridad Económica (SEhB)
- Dirección de Apoyo a las empresas industriales de Contrainteligencia
- Dirección de Apoyo al Transporte de Contrainteligencia
- Dirección de Apoyo a la Contrainteligencia del Sistema Financiero (Dirección K)
- Dirección de Apoyo a la Contrainteligencia de la MVD
- Dirección de Análisis Organizacional
- Dirección de Lucha contra el contrabando y el Tráfico Ilícito de Drogas
Servicio Administrativo
- Dirección de Analisis
- Dirección de Coordinación de la actual de la Información (UKOI)
- Dirección de Planificación Estratégica
- Departamento de clasificación de la información
Servicio de Personal y organización del trabajo
- Dirección de Registros Especiales
- Dirección de Planificación de organización
- Dirección de Personal
Servicio de Supervisión
- Dirección de Inspección
- Dirección de Auditoría
- Dirección de Seguridad Interna
- Dirección de pedidos y entregas de armas, equipos militares y especiales
- Dirección de Medidas de técnica operativa (UOTM)
Servicio de Apoyo Técnico
- Dirección de Finanzas y Economía
- Dirección de Material y Apoyo Técnico (UMTO)
- Dirección de Construcción
- Dirección de Apoyo Científico y Técnico
- Instituto de Criminología
- Dirección Legal
Servicio de Eventos Especiales
- Centro de Seguridad de las Comunicaciones (creado a partir de la antigua Dirección General de Seguridad de las Comunicaciones de FAPSI)
- Centro de Seguridad de la Información
- Centro de licencias, certificación y Protección de los Secretos de Estado
- Centro de Equipamiento Especial
El FSB cuenta también con una Dirección de Programas de Asistencia un Centro de Relaciones Publicas y una Academia.