Hola, mi humilde opinión al respecto y de forma general:
1.- Como dijo Loopster, tenemos que partir de los acuerdos de Naciones Unidas sobre la Ley del Mar y la piratería:
http://www.un.org/spanish/search/
Cabe decir que la mayoría de Convenios internacionales son tratados entre naciones, aunque por descarte se podría aplicar el término "militar" a todo lo que no sea mercante con porte de armas. También hay que tener en cuenta las resoluciones para acciones humanitarias (CICR, especialmente)
2.- Somalía es en sí un problema político, porque hay varios Gobiernos que se proclaman legítimos, con lo cual cada uno define de diferente forma su jurisdicción y su territorio. Con quien negociamos con Yusuf Ahmed? o con algún representante de Somalilandia (que no tiene primer ministro) etc.
3.- En una nave o aeronave (sólo en sus pocos metros) rige la ley del pabellón, pero los buques están sometidos a los Convenios Internacionales y al derecho penal o de policía de cualquier jurisdicción, que está por delante de la ley extranjera propia:P.ej. una patrullera marroquí podrá fácilmente perseguir un traficante en aguas españolas si previamente avísa a la Guardia Civil, es más contará con su colaboración.
Como explicarían el paso o atraque de un buque español en Yemen o Sudan con vigilantes jurados con armas de guerra sin licencia ni autorización propia ni ajena???
Creo que no se debe miniizar las responsabilidades civiles y políticas en todo este asunto.
4.- Como se solventa el tema del porte de armas en un buque civil? Principalmente se suele solventar con autorización de las partes implicadas y con concreción más o menos del operativo. Puede suceder incluso que el estado o empresa extranjera demandante del servicio ponga las armas y equipos a disposición de la empresa contratada en destino o se firme un protocolo de actuaciones para detenciones, deportaciones etc..
En el caso de empresas privadas, suelen confiar el transporte a empresas especializadas que las hacen llegar por diversos medios con o sin colaboración de Administraciones implicadas según el caso.
Piratas a parte, la navegación de buques de guerra, nucleares etc. está totalmente regulada internacionalmente... aunque siempre hay furtivos ...
